Фонд редких книг Научной библиотеки Уфимского федерального исследовательского центра РАН насчитывает более 17 642 издания:

на русском, башкирском, татарском, иностранных европейских и восточных языках, хронологические границы которых 1650-ХХ век. В том числе около 10 000 диссертаций и авторефератов диссертаций.

Видовой состав фонда: печатные книги, периодические и картографические издания, рукописные книги  арабской графики, славянские книги.

В подавляющем большинстве редкие издания попали в библиотеку УФИЦ РАН с первыми поступлениями при организации библиотеки в 1951 г. из Научно-исследовательского института истории языка и литературы им. М.Гафури; из Библиотеки Академии наук (г.Ленинград) и ряда других библиотек страны.
     В фонде редких книг представлена литература по разным отраслям знаний: геологии, географии, истории, языкознанию, литературоведению, химии, биологии.
В отдел собираются издания, ценность которых состоит в их редкости (первые издания), древности, формате (фолианты, миниатюрные издания), принадлежности былым знаменитым владельцам, или, наконец, в содержании книг.
     Здесь и образцы полиграфического, художественного и переплетного мастерства: например, Библия, изданная в 1871 г., Псалтырь, 1650 года издания, и целый ряд прижизненных изданий авторов, таких как: Ломоносов М.В. "Первые основания металлургии, или рудных дел" (Спб., 1763); "Наказ ее императорского величества Екатерины II. Данный комиссии о составлении проекта нового уложения" (Спб.,1770); "Толковый словарь живого великорусского языка" В.И.Даля (М., 1863г.); "Заветные мысли" Д.И.Менделеева (Спб.,1903г.). В фонде хранятся периодические издания: "Известия Императорского Русского географического общества" с 1870г., "Известия императорской Академии наук" с 1779г., "Живая старина" с 1890 г. Из справочных изданий можно назвать Энциклопедический словарь бр.Гранат, Энциклопедический словарь Брокгауза и Эфрона. Конечно, самыми ценными, как и в любой библиотеке, являются книги рукописные: "Свод законов шариата" - рукопись начала 19 в., "Коран" - рукопись 1800 г., "Устав о христианском житии и месяцеслов".
     Гордость библиотеки - труды исследователей нашего края. Изучением природных условий, хозяйства, состава и населения различных провинций России, в том числе и Башкирии занимались академические экспедиции, возглавляемые академиками И.И.Лепехиным, П.С.Палласом, И.Г.Георги. "Россия более чем кому-либо другому обязана точным описанием нашеей страны"- так написано о П.С.Палласе в Большой энциклопедии 1909 г. Книга Палласа "Путешествие по различным провинциям Российского государства" (Спб., 1773-1788 гг.) уникальна еще и тем, что является прижизненным изданием исследователя. В фонде есть и еще одно прижизненное издание Палласа "Описание растений Российского государства с их изображением" (Спб., 1786).
     Одно их крупнейших произведений русской научной мысли XVIII века - "Дневные записки, путешествия доктора и Академии наук адъюнкта Ивана Лепехина по разным провинциям Российского государства,1768-1769 год" (Спб., 1771). Первый том этого издания, также имеющийся в библиотеке, вышел при жизни автора.
     рактически ни один историк или этнограф не оставил без внимания книгу И.П.Рычкова "Топография Оренбургской губернии" (Оренбург, 1887). В библиотеке хранится и прижизненное издание этого произведения, которое было напечатано в 1762 году в журнале "Сочинения и переводы к пользе и увеселению служащих". Две книги сына П.И.Рычкова Николая Петровича Рычкова явились результатом его путешествий с экспедициями Палласа : "Журнал или дневные путешествия капитана Рычкова по разным провинциям Российского государства, 1769-1770 году" (Спб., 1772) и "Дневные записки путешествия капитана Николая Рычкова в Киргис-Кайсайцкой степи 1771 году" (Спб., 1772).
     Библиотека УФИЦ РАН часто приобретала хорошо укомплектованные личные библиотеки известных ученых Башкирии и Урала, среди которых также встречалось много редких книг, часто с автографами авторов. Так попали в фонд книги из личных библиотек доктора геолого-минералогических наук, профессора, заслуженного деятеля науки БАССР Георгия Васильевича Вахрушева, который был первым председателем Президиума Башкирского филиала АН СССР в 1951-1956 гг.,книги из личной библиотеки В.К.Сальникова, археолога, доктора исторических наук.
     Для редких книг характерно преобладание интереса к их вещной (в противоположность содержательной) стороне: отличительные признаки данного издания (прижизненное, иллюстрированное и т.п.) и данного его экземпляра (состояние, переплет, автографы, владельческая надпись). И эта сторона не менее, а порой и более важна, чем текст книги.
     В редком фонде хранится прижизненное издание книги известного геолога нашего земляка А.Н.Заварицкого "Железные руды на горе Магнитной" (М.. 1913) с дарственной надписью академику П.И.Степанову. На исследовании Р.А.Еленевского "Некоторые данные о пойме реки Белой" - надпись, адресованная известному ученому Жудовой П.П., принимавшей участие в 1929-1930 гг. в Пойменной экспедиции Государственного Лугового института под руководством Р.А.Еленевского: "Глубокоуважаемой Полине Петровне Жудовой первую слабую попытку освещения Бельской поймы в ожидании новых, интереснейших открытий красот столь много обещающей долины р.Белой от автора. 18.06.29г.".
     Имя Сергея Ивановича Руденко хорошо известно ученым Башкирии. Ученый редкого таланта, органически соединил в себе различные области знания. Большое место в его исключительно многогранной деятельности занимает антропология и этнография башкир. В 1927-1930 гг. руководил башкирской экспедицией АН СССР. Башкортостан и башкиры занимают особое место в научной деятельности С.И.Руденко. Его книга о башкирах до сих пор является эталоном этнологических исследований.
     В фонде библиотеки хранится 33 книги с владельческой надписью Руденко, из них 10 с автографами. Эти надписи ярко характеризуют не только их авторов, но и самого Руденко, говоря о высокой оценке его труда, о его значении и месте в науке.
     В Научном архиве УФИЦ РАН хранится личный фонд Кулаева М.А. Ученый лингвист Кулаев Мстислав Александрович (Мухаметхан Сахинкиреевич) изучал фонетический строй и грамматику башкирского языка. Им составлен букварь, алфавит для башкир на русской графической основе. Многие его работы также остались неопубликованными. В библиотеке есть три его книги "Основы звукопроизношения и азбука для башкир" (Казань, 1912); "О звуках башкирского языка" (Казань, 1928); "О глаголах башкирского языка" (Казань, 1930) все с автографом автора.
     Краеведам хорошо знакомо имя Николая Александровича Гурвича. Врач, экономист, историк, этнограф, географ. Человек энциклопедических знаний, Гурвич оставил заметный след в истории нашего края. Из 34 книг личной библиотеки Н.А.Гурвича (о чем свидетельствует владельческая надпись) - 25 книг с дарственными надписями.
    Так, перебирая старые книги, погружаемся мы в удивительный мир прошлого. Каждая книга несет в себе приметы того времени, когда она создавалась. Каждая книга имеет свою судьбу. И чтобы узнать судьбу книги, надо уметь слышать и понимать шелест старых забытых страниц.